L'ICSI n'est pas une méthode d'AMP plus dangereuse que les autres. Par contre, puisqu'elle s'adresse à des couples dont l'homme est infertile, le risque que l'homme puisse transmettre la cause génétique de son infertilité à l'enfant ne peut être écarté.

En pratique, la plupart des situations problématiques sont anticipées par la réalisation de tests génétiques (caryotype et étude ciblée de certains gènes). A la suite de ceux-ci, un conseil génétique peut être donné au couple lui permettant d'évaluer le risque et prendre sa décision en toute connaissance.

Evidemment, les biotechnologies actuelles ne permettent pas de détecter toutes les anomalies génétiques connues. En définitive, les statistiques actuelles sur l'ICSI sont globalement rassurantes mais il demeure que l'équipe médicale n'orientera en ICSI que les couples pour lesquels seule cette méthode peut leur apporter des chances de succes.