Les couples doivent être conscients des risques, des complications et des inconvénients en AMP. La plupart des tentatives se déroulent sans problèmes. Une prise en charge psychologique avant, pendant et même apres la tentative est parfois souhaitable.

Lors de la stimulation ovarienne :

- L’échec de stimulation par défaut ou mauvaise réponse ovarienne peut amener à interrompre la tentative

- Des kystes ovariens peuvent apparaître au début du traitement . Ces kystes sont généralement controlés par le médecin qui pratique le traitement avant de passer à la stimulation ovarienne. Ils peuvent parfois obliger à interrompre la tentative.

- L’hyperstimulation est induite par une réponse excessive aux traitements de stimulation. Elle survient après le déclenchement de l’ovulation et se caractérise par une augmentation du volume des ovaires qui deviennent douloureux, une sécrétion excessive d’oestradiol pouvant entrainer des ascites ou épanchements liquidiens dans le ventre et la plèvre et dans les cas extrêmes phlébites ou embolies pulmonaires.
Une hyperstimulation sévère nécessitera une hospitalisation.

- La répétition des stimulations fatigue le corps de la femme, moins pour les inséminations que pour la FIV. Il est recommandé de laisser au moins 6 moins entre 2 traitement de stimulation pour FIV.

Lors de la ponction ovarienne:
- Le risque est lié au geste chirurgical (risque hémorragique, risque infectieux) et à toute anesthésie. Ces risques immédiats liés à la ponction ou à l'anesthésie restent rarissimes.
- L’échec, c’est l’absence de follicules, communément appelée “ponction blanche”

Lors de la fécondation in vitro au laboratoire:
- l’échec de fécondation peut être dû à une mauvaise qualité ovocytaire ou spermatique

Lors du transfert des embryons:
- en cas d’hyperstimulation, le transfert peut être ajourné: dans ce cas les embryons sont congelés pour être transférés ultérieurement.
- le transfert peut être plus ou moins difficile

Durant la grossesse:
- le risque, c’est la grossesse multiple (25% environ en AMP) et cela malgré la limitation du nombre d’embryons transférés part une politique de transfert adapté.
- par ailleurs, les grossesses obtenues par AMP présentent les mêmes risques que les grossesses obtenues naturellement.

Les enfants nés après FIV ou ICSI:
A ce jour, aucune étude n’a permis de mettre en évidence un risque plus élevé d’anomalies chez les enfants nés de FIV. Pour l’ICSI, il semble en être de même mais le recul n’est que d’une dizaine d’année.Le vrai risque en ICSI est de transmettre l'infertilité.

Inconvénients et difficultés entourant l'AMP:

Difficultés psychologiques: La première difficulté peut survenir lors de l'éprouvant bilan médical: traits dépressifs et anxieux. C'est surtout la femme qui est touchée quand bien même la stérilité viendrait de l'homme. Les traitements hormonaux de la femme peuvent influer sur son caractère, le couple est fortement bouleversé par ces changements entrainant une anxiété importante touchant même parfois encore la grossesse. L'attente suivie d'espoirs souvent déçus, crée une dépendance affective.Toue l'attention de la femme est consacrée aus traitements, ponctions et transferts et cela parfois pendant plusieurs années, ce qui peut entrainer des problèmes dans le couple. Un accompagnement psychologique est toujours possible et parfois souhaitable.

Inconvénients amoureux: Le couple est fortement balloté:entre les rapports sexuels programmés ou interdits. Il s'installe un décalage entre l'homme et la femme, le dégout des rapports sexuels est fréquent. Enfin le taux de séparation du couple est important.

Inconvénients sociaux: Les examens répéttés ont souvent lieu le matin pour la femme, entrainant des retards fréquents au travail qu'il est parfois difficile de gérer. Le recueil du sperme pour l'homme le jour de la ponction est impératif: cela génère parfois des difficultés dans son travail surtout du fait que ce jour est difficilement prévisible avec précision.